Auditoría de carácter especial: bajo este tipo de auditoría se fiscaliza que las actividades, operaciones financieras e información se ejecuten, en todos los aspectos significativos, de conformidad con las leyes, reglamentos u otras normativas que se hayan identificado como criterios, tales como resoluciones, políticas, lineamientos, directrices, códigos, contratos, convenios, entre otros. Este tipo de auditoría excluye la fiscalización de indicios de fraude, corrupción o presuntos actos ilícitos que podrían generar alguna responsabilidad (administrativa, civil o penal); dado que, esa temática es abordada mediante el Procedimiento de Investigación.

Auditoría financiera: consiste en emitir un dictamen independiente sobre la razonabilidad de los estados financieros de la entidad auditada, de conformidad con el marco normativo aplicable.

Auditoría operativa: evalúa la eficacia, eficiencia y economía (o al menos una de estas variables) con la que una entidad, programa, proyecto, unidad, proceso o actividad del sujeto fiscalizado, utiliza los recursos públicos, para el desempeño de sus cometidos; esto con el propósito de mejorar la gestión del sujeto fiscalizado. La auditoría operativa puede tener un enfoque de procesos o un enfoque de resultados.