Mediante el artículo 21 de la Ley Orgánica de la Contraloría General de la República, n.° 7428, se le establece la potestad de realizar auditorías financieras, operativas y de carácter especial en los sujetos pasivos, entre los que se encuentran los gobiernos locales.
Así mismo, como parte de los procesos de mejora continua y fortalecimiento de los mecanismos de evaluación la CGR ha desarrollado e implementado los Seguimientos de la gestión pública.